La primera noticia de ingresos la da una relación de 1573. Un Inventario de 1630 reseña 612 legajos y 30 libros. En 1671 se producen las primeras transferencias formales y por separado de ambas Secretarías; no obstante, 1676, gran parte de la documentación transferida por la Secretaría de Mar vuelve a remitirse a la sede del Consejo en Madrid. Finalmente en 1719 y 1720 se realizan las últimas transferencias. Los fondos del Consejo de Guerra del siglo XVIII se transfirieron al Archivo General de la Administración en Alcalá de Henares, en donde desaparecen por el incendio ocurrido en 1939. La ocupación francesa del Archivo de Simancas entre 1808 y 1812 ocasionó desórdenes en la documentación, por lo que en 1815 se comisionó a TOMÁS GONZÁLEZ para su reorganización, que es la que mantiene en la actualidad.